Patrick Geddes nació el 2 de octubre de 1854 en la pequeña población escocesa de Ballater, situada en el condado de Aberdeen. Tres años más tardes su familia se desplaza Perth, localidad ubicada al norte de Edimburgo. A pesar de sus problemas de salud, su padre, un capitán retirado del ejército e interesado en la historia natural le lleva a largas rutas por la naturaleza que le inculcan el interés por las ciencias naturales y el amor por la naturaleza.
A los dieciséis años se diploma en la Academia de Perth. Durante su etapa escolar se forma de manera autodidacta con la ayuda de maestros locales en geología, botánica y fisiología, dibujo, pintura y carpintería.
Entre 1874 y 1878 estudia zoología con el profesor Thomas H. Huxley (1825-1895) en el Real Escuela de Minas de Londres. Gracias a Huxley, Geddes parte a la estación marina francesa de Lacaze-Duthier, donde conoce a Charles Flahaut.
De 1878 a 1879, Geddes abandona Lacaze-Duthiers para dirigirse a Paris, donde sigue cursos de biología con Wurtz y Gautier en la Facultad de Medicina, así como los cursos de Edmond Demolins. En este tiempo entra en contacto con las teorías de Le Play y Comte.
Entre 1879, durante una expedición botánica en México, padece una ceguera temporal de tres meses, periodo en el cual Geddes inventa las “máquinas pensantes” o diagramas de papel plegado.
En 1880 regresa a Edimburgo para trabajar como profesor de botánica en la Universidad de Edimburgo. Unos años después, en 1888, acepta la cátedra de botánica en la Universidad de Dundee, de la que fue profesor hasta su dimisión en 1919 para partir a la India.
Durante su etapa en Edimburgo, entre 1884 y 1913, Geddes promueve la regeneración urbana de esta ciudad. Su actividad cívica le lleva a crear residencias de estudiantes, jardines, escuelas infantiles, una universidad popular, a promover la conservación del patrimonio cultural y la educación holística, a organizar exposiciones, cursos de verano, museos y centros cívicos, a resucitar tradiciones y costumbres perdidas, a despertar la conciencia cívica, a emprender excursiones por la naturaleza, a limpiar y reconstruir barrios deprimidos, ….
De los años que van desde 1914 y 1929 hace numerosos viajes por la India que le sirven para redactar informes de “diagnóstico y tratamiento” de una cincuentena de áreas urbanas de la India. En este tiempo ocupa la cátedra de Sociología en la Universidad de Bombay.
Su actividad viajera le lleva a visitar Palestina e Israel para redactar proyectos de planificación urbana y construcción de universidades.
En 1924, Geddes abandona la India por razones de salud. Se instala en el sur de Francia, para crear el Colegio de los Escoceses en la Universidad de Montpellier, que será el patrimonio vivo y simbólico de la obra de toda la vida. En esta ciudad muere en 1932, el mismo año en el que decide aceptar el título de caballero del Imperio Británico por “sus servicios a la educación”.